1、按制曲原料来分主要有小麦和稻米。故分别称为麦曲和米曲。用稻米制的曲，种类也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米饭制成的红曲或乌衣红曲，米曲（米曲霉）。

2、按原料是否熟化处理可分为生麦曲和熟麦曲。

3、按曲中的添加物来分，又有很多种类，如加入中草药的称为药曲， 加入豆类原料的称为豆曲（碗豆，绿豆等）。

4、按曲的形体可分为大曲（草包曲，砖曲，挂曲）和小曲（饼曲），散曲。

5、按酒曲中微生物的来源， 分为传统酒曲（微生物的天然接种）和纯种酒曲（如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲）。

二、传统的酒曲，其本质之一就是粗酶制剂。但传统的酒曲的更大缺点是酶活较低。现代，由于酶制剂工业的发展，在酒的生产过程中，适当加入一部分酶制剂以代替部分传统酒曲。

迄今所使用的酶制剂主要是液化酶和糖化酶两大类。酶制剂的使用可降低酒的生产成本，但所产生的问题是酒的香味受到一定的影响。因此在一些名酒厂，传统的酒曲仍是必不可少的。